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दोषों को और तत्वार्थवृत्ति की रचना से मानसिक दोष (मिथ्यात्व) को दूर किया है। इससे भी यह स्पष्ट होता
कि पूजयपाद ने कल्याणकारक नामक वैद्यक ग्रंथ की रचना की है। इसके अलावा कुछ विद्वानों का जो यह
कहना है कि सर्वार्थसिद्धिकार पूजयपाद व वैद्यक ग्रंथ के कर्ता पूजयपाद अलग-अलग हैं, वह गलत मालूम
होता है। कारण इससे स्पष्ट होता कि पूजयपाद ने ही भिन्न-भिन्न विषयों के ग्रंथों का निर्माण किया था। कुछ
विद्वान् वैद्यक-ग्रंथकर्ता पूजयपाद को 13 वें शतमान में डालकर उनमें भिन्नता सिद्ध करना चाहते हैं। परन्तु
उपर्युक्त प्रमाणों से वे दोनों बातें सिद्ध नहीं होती। प्रत्युत् यह स्पष्ट होता है कि पूजयपाद ने ही व्याकरण
सिद्धान्त व वैद्यक-ग्रंथ का उल्लेख किया है और जबकि उग्रदित्याचार्य जिनसेन के समकालीन थे। (जो आगे
सिद्ध किया जायेगा) तो फिर यह बहुत अधिक स्पष्ट हो चुका कि पूजयपाद का वैद्यक ग्रंथ बहुत पहले से होना
चाहिए। वे और कोई नहीं है। अपितु सर्वार्थसिद्धि के कर्ता पूजयपाद ही हैं। उग्रादित्याचार्य के कल्याणकारक
से तो यह भी रात होता है कि पूजयपाद ने कल्याणकारक के अलावा शालाक्य तंत्र (शल्यतंत्र) नामक ग्रंथ
का भी निर्माण किया था, जिसमें आपरेशन आदि का विधान बतलाया गया है। पूजयपाद स्वामी का समग्र
वैद्यक ग्रंथ तो उपलब्ध नहीं होता। तथापि यह निस्संदेह कह संकते हैं कि उनकी वैद्यकीय रचना भी सिद्धान्त
व व्याकरण के समान बहुत ही महत्वपूर्ण होगी। उन्होंने अपने ग्रंथ में जैनमत प्रकिया के शब्दों का ही प्रयोग
किया है। इसी से उनके ग्रंथ की महत्ता मालूम हो सकती है कि उन्होंने अपने ग्रंथ में कुमारी भृंगामलक तैल के
क्रम को अनुष्टप् श्लोक के 46 चरणों से प्रतिपादन किया है। गंधक, रसायन क्रम को 37 चरणों में, महाविष
मुष्टि तैल कि विधि को 48 चरणों में और भुवनेश्वरी चूर्ण के विधान को 30 चरणों में प्रतिपादन किया है।
मरिजकादि प्रकिया जो उनके कही गयी है वह निम्नलिखित प्रकार है।
मरिचमरिचमरिचं तिक्ततिक्तं च तिक्तम्।
कणकणकणमूलं कृष्णकृष्ण्ं च कृष्णम्।
मेघं मेघं चं मेघोरजरजरजनी सष्टियष्टच्याहयष्टी॥
वज्रं वज्रं च वज्रं जलजलजलजं भृंगिभृंगी च भृगम्।
श्रृंगं श्रृंगं चं श्रृंगं हरहरहरही वालुकं वालुकं वा॥
कंटत्कंटत्ककंटं शिवशिवशिवनीं नंदिनंदी च नंदी।
हेमं हेमं च हेमं वृषवृषवृषभा अग्निअग्नी च अग्ने ॥
वांतिर्वातं च पैत्यं विषहरनिमिषं पूजितं पूजयपादै: ॥
इससे स्पष्ट है कि पूजयपाद का वैद्यक ग्रंथ महत्वपूर्ण व अनेक सिद्धैषध प्रयोगों से युक्त है। परन्तु
खेद है कि आज हम उसका दर्शन भी नहीं कर सकते उपर्युक्त कल्याणकारक व शालाक्यतंत्र के अलावा
पूजयपाद ने वैद्यामृत नामक वैद्यक ग्रंथ की रचना भी की है। यह ग्रंथ कानडी में होगा ऐसा अनुमान है।
गोम्मटदेव मुनि ने पूजयपाद के द्वारा निर्मित वैद्यामृत नामक ग्रंथ का निम्नलिखित प्रकार उल्लेख किया है।
सिद्धांतस्य च वेदिनो जिनमते जैनेन्द्रपाणिन्य च।
कल्पव्याकरणाय ते भगवते देव्यालियाराधिपा (1)॥